Fast ein ganzes Jahr ist vergangen, seit ATLANTIS, die "Stadt der Vorfahren", zur Erde flog, um den Angriff eines verbesserten Basisschiffs der Wraith abzuwehren. Bei diesem Abwehrkampf und der anschließenden Gewaltlandung der Stadt im Nord-Pazifik, vor den Toren von San Franciscos, sind viele der Systeme von ATLANTIS stark in Mitleidenschaft gezogen worden.
Doch statt eine rasche Reparatur der Stadt in die Wege zu leiten, wie es der ehemalige Leiter von ATLANTIS, Richard Woolsey, versprochen hatte, hat dieser insgeheim beim Internationalen Komitee dafür Werbung gemacht, die Kernsysteme der Antiker-Stadt auszubauen, um sie besser studieren zu können. Das jedoch liegt wiederum weder im Interesse der beiden Menschen aus der Pegasus-Galaxis, Teyla Emmagan und Ronon Dex, noch in dem von Lieutenant-General Jack O'Neill, dem Leiter des Homeworld-Command.
Darum greift O'Neill zu einer List: Aufgrund dieser List sieht sich das Internationale Komitee dazu genötigt zu handeln. ATLANTIS soll nun, so rasch wie möglich, wieder zur Pegasus-Galaxis zurückkehren. Als permanente Bedeckung für die Stadt sollen diesmal gleich drei irdischen Schlachtkreuzer die Reise mitmachen.
Im Zuge dieser Entwicklung wird Generalmajor Alexandra Degenhardt, von der Deutschen Luftwaffe, etwas überraschend, vom IOA zur neuen Leiterin der Stadt ATLANTIS ernannt. Die energische Endvierzigerin, die sich bereits im Krieg gegen die Ori als Kommandantin der AUSTERLITZ einen Namen gemacht hat, begibt sich umgehend ans Werk und gegen Ende des Jahres erfolgt endlich der Aufbruch zur Pegasus-Galaxie...